ジオメトリノードでメッシュブーリアン(以下Mesh Boolean)を使用する際に、思い通りにブーリアンが機能してくれない場合があります。結論から言えば、
ブーリアンの対象となる情報がインタンスになっていることが考えられます。
例えば下記のような立方体と球体と組み合わせて、立法体から球体の形にくり抜きたいとします。

インタンスは実体のない情報なのでそのままブーリアンで使用することができません。
まずはインスタンスを実体化する必要があります。
実態化にはRealize Instanceを使用します。
Realize Instance

つづいてMesh Booleanを使用します。
Mesh BooleanのDefferenceでは、入力のMesh1からMesh2が引かれる形でメッシュが生成されます。
Mesh Boolean

しかし、元の情報であるMesh1がインスタンスである場合、Realize Instanceを使用して実体化してもうまくくり抜くことができません。

解決方法としては、引く情報であるインプットのMesh2にJoin Geometryなどを経由して2重を情報を与えることで解決します。全体像としては以下のようになります。


理由は不明なのですっきりしませんが、一応これで解決できます。
どなたか理由を知っていたら教えてもらえると喜びます。